El siglo XX trajo consigo una nueva reforma en el ámbito de la educación superior. Intelectuales y filósofos, formados en las aulas de Barreda, pero no por ello adeptos al positivismo, cuestionaron diversos postulados de aquella doctrina. Entre otras cosas, rechazaron que la ciencia experimental fuera el único camino hacia el conocimiento. Al mismo tiempo, abogaron por que la filosofía fuera incorporada de nuevo a los planes de estudio de la enseñanza superior.

Sin embargo, lejos de que los estudios filosóficos llegasen a la Escuela Nacional Preparatoria, se fundó una institución alterna que se dedicase a ellos. Así, el 7 de abril de 1910 se inaugura la Escuela Nacional de Altos Estudios, bajo la dirección de Porfirio Parra. Las materias que se impartían en este recinto se distribuían en tres áreas, Humanidades, Ciencias exactas y naturales, y Ciencias sociales, políticas y jurídicas. Únicamente conocemos el listado de asignaturas correspondiente al área de Humanidades: Filosofía, Lengua y Literatura Clásicas, Lengua y Literatura Modernas, Historia y Pedagogía⁷.

Años más tarde, en 1914, la Escuela Nacional Preparatoria reabrió sus puertas a las humanidades y concedió a la metafísica un lugar dentro de su plan de estudios. A partir de entonces, dicha institución y la Escuela Nacional de Altos Estudios, compartieron un mismo perfil, hasta que finalmente se volvieron una sola. En lo que a la filosofía respecta, ella gana un lugar definitivo en el listado de asignaturas.