Conclusión

Número de características 23
Ganadas por PHP 4
Ganadas por Java 16
Ambas 3

A partir de mi análisis, Java a diferencia de PHP:

• Es un lenguaje completamente orientado a objetos, a diferencia de PHP 4.x que tiene más enfoque a programación de scripts y la implementación de POO no es completa. Las versiones de PHP 5.x son mejores en este aspecto.
• Tiene soporte para documentación incluido (JavaDoc).
• Java es un lenguaje más estricto en la cuestión de la seguridad que PHP.
• Permite el polimorfismo y la herencia.

Por otro lado, PHP a diferencia de Java:

• Es realmente OpenSource.
• No depende tanto de librerías y/o aplicaciones de terceros, como en el caso de J2EE.
• Es posible desarrollar más rápido y es más fácil de depurar en proyectos pequeños.
• Una implementación de PHP en servidor es más barata que una de Java (descontando TomCat y JBoss).

Finalmente la implementación de uno o de otro dependerá de lo que se vaya a realizar, la plataforma disponible y muchos otros criterios que salen del análisis preliminar del proyecto.
La siguiente página muestra un ranking de posiciones de los diversos lenguajes de programación:
http://www.tiobe.com/tpci.htm